Un día como hoy, pero de 2002, los socios con certificado de aportación realizaron una Asamblea en la Sala de Trofeos del Club Deportivo Guadalajara y mediante una votación aprobaron la propuesta hecha por el empresario tapatío Jorge Vergara Madrigal para dar paso a una nueva era en la historia de Chivas. El proyecto del propietario de Omnilife tenía como fin hacer del Rebaño Sagrado un equipo con una estructura deportiva y económica sólida, y que además contará con un estadio propio para reafirmar su fuerte presencia en el balompié nacional, mismo que fue apoyado por la mayoría de los socios, por lo que a partir de esa fecha inició la etapa del Club Deportivo Guadalajara S. A. de C. V.
El porvenir de la institución rojiblanca comenzó a mejorar de inmediato, pues en unos cuantos días el control del Primer Equipo rojiblanco regresó al club tras permanecer durante poco más de nueve años bajo la administración de una Promotora Deportiva independiente ante la falta de recursos para afrontar los compromisos de participar en el Máximo Circuito. Tan sólo tres torneos después, el conjunto más mexicano y popular del país contendió por el título del Torneo de Clausura 2004, que pese a no quedarse con el trofeo tras caer ante Pumas en penales, recuperó notoriedad a nivel nacional e internacional.
Los años posteriores vieron a Chivas como uno de los principales animadores de la Copa Libertadores al ser semifinalista en las ediciones de 2005 y 2006, logros que fueron el preámbulo a la obtención del onceavo cetro de Liga en su historia, justo en el año del centenario de la fundación del club, pues se coronó en el Apertura 2006 al vencer en la Final al Toluca. En 2010, tras imponer una marca de ocho victorias en fila en el arranque del Torneo Bicentenario y con José Luis Real como DT, fue el segundo equipo mexicano en llegar a la Final de la Libertadores, en la cual perdió ante el Internacional de Porto Alegre, pero recibió el reconocimiento del medio futbolístico mundial como un cuadro altamente competitivo.
De la mano del crecimiento del Primer Equipo, el fortalecimiento de las Fuerzas Básicas quedó de manifiesto al ser un club abastecedor de las Selecciones Menores, como sucedió en los conjuntos campeones de la Sub 17 en 2005 con Patricio Araujo, Omar Esparza, Carlos Vela y Sergio Arias, y en el 2011 con Carlos Fierro, ganador del Balón de Bronce como el tercer mejor jugador del certamen, Giovani Casillas, Luis Solorio y José Pablo Tostado; asimismo, el equipo Sub 23 que por primera vez conquistó el Torneo de Esperanzas de Toulon y la medalla de oro en los Juegos Olímpicos de Londres 2012, pues contó con los rojiblancos Miguel Ponce, Jorge Enríquez, Marco Fabián y José Antonio Rodríguez.
Además, el Rebaño cedió a cuatro elementos a la Selección Sub 20 que conquistó el histórico tercer lugar en el Mundial Sub 20 de Colombia 2011; Jorge Enríquez, quien recibió el Balón de Bronce como el tercer mejor jugador del torneo, Ulises Dávila, Kristian Álvarez, Erick Torres y 'Toño' Rodríguez. Otro rubro que ha marcado el desarrollo integral del Guadalajara ha sido la exportación de sus talentos al extranjero, como Carlos Salcido y Francisco 'Maza' Rodríguez, ambos transferidos al PSV Eindhoven, Omar Bravo al Deportivo La Coruña, Javier 'Chicharito' Hernández al Manchester United y Ulises Dávila, adquirido por el Chelsea, quien actualmente milita en el Vitória Setúbal de Portugal.
Mención especial merece la consumación de uno de los proyectos más importantes de Jorge Vergara para beneficio del Club Deportivo Guadalajara, pues el 30 de julio de 2010 con un partido de lujo entre Chivas y Manchester United, en el cual el 'Chicharito’ Hernández jugó medio tiempo con cada equipo, quedó inaugurado el Estadio Omnilife, la primera casa propia del Rebaño Sagrado. El recinto rojiblanco, que cuenta en su interior con el Museo Chivas Comex, que alberga la colección de trofeos y artículos más relevantes en el transcurso de más de 100 años de historia, se ha convertido en motivo de orgullo no sólo para la institución y sus aficionados sino también para todo el país, pues ha dejado impactados a todos sus visitantes en eventos de internacional como el Mundial Sub 17 de México 2011 y los Juegos Panamericanos de Guadalajara 2011.
Logros en la Era Vergara:
- Campeón Apertura 2006
- Subcampeón Copa MX Clausura 2015
- Subcampeón Clausura 2004
- Subcampeón Copa Libertadores 2010
- Subcampeón Copa de Campeones de la Concacaf 2007
- Semifinalista Copa Libertadores 2005
- Semifinalista Copa Libertadores 2006
- Semifinalista Copa Sudamericana 2008
- Campeón del torneo InterLiga 2009
- Campeón de Segunda División Torneo Revolución 2011
- Campeón de Copa de Segunda División Apertura 2013 y Clausura 2014
- Campeón de Filiales en Segunda División Apertura 2004, Apertura 2006 [Chivas San Rafael], Clausura 2008 y Clausura 2009
- Campeón Torneo de Reservas Clausura 2006
- Campeón Sub 20 Clausura 2013 y Apertura 2014
- Campeón Sub 17 Apertura 2011, Clausura 2012, Apertura 2013 y Clausura 2014
- Campeón de la Copa Independencia Sub 17 2012 y 2013
- Campeón Sub 15 Invierno 2011, Invierno 2013, Verano 2013 e Invierno 2014
- Campeón del Torneo Internacional Sub 15 en 2015
- Campeón Sub 13 Verano 2014, Primavera 2015 y Otoño 2015
- Campeón de Filiales en Tercera División Clausura 2005, Apertura 2005, 2009-2010 y 2011-2012
