Para la edición correspondiente al Apertura 2016 de la Copa MX, la cual cambió de formato para este torneo en el que se jugará con 24 equipos en ocho grupos de tres integrantes cada uno, el Rebaño Sagrado quedó ubicado en el Grupo Dos junto a Jaguares de Chiapas y Cafetaleros de Tapachula; en esta ocasión clasificarán a los Octavos de Final los dos primeros lugares de cada sector.
Guadalajara se enfrentó a Jaguares de Chiapas en la Semifinal de la edición del Clausura 2015 y lo derrotó por 2-1 en el Estadio Chivas, pero al igual que a Cafetaleros, lo enfrentará por primera vez en la fase de calificación de la Copa MX. El conjunto rojiblanco fue Campeón en el Aperura 2015 y subcampeón en el Clausura 2015, por lo cual el compromiso para el Apertura 2016 es tener una actuación sobresaliente y ser de los protagonistas del certamen copero.
El calendario de Chivas en la Copa MX:
Jornada Uno
Descanso
Jornada Dos
Martes 26 de julio
Guadalajara vs. Jaguares de Chiapas
Estadio Chivas 19:00 horas
Jornada Tres
Miércoles 10 de agosto
Cafetaleros de Tapachula vs. Guadalajara
Estadio Olímpico de Tapachula 20:30 horas
Jornada Cuatro
Descanso
Jornada Cinco
Miércoles 24 de agosto
Guadalajara vs. Cafetaleros de Tapachula
Estadio Chivas 21:00 horas
Jornada Seis
Miércoles 13 de septiembre
Jaguares de Chiapas vs. Guadalajara
Estadio Víctor Manuel Reyna 21:00 horas
Octavos de Final
27, 28 y 29 de septiembre
Cuartos de Final
18, 19 y 20 de octubre
Semifinales
25, 26 y 27 de octubre
Final
1, 2 y 3 de noviembre
Grupos de la Copa MX.
Grupo 1: León, Atlante, Celaya FC.
Grupo 2: Cafetaleros, Guadalajara, Jaguares.
Grupo 3: UdeG, Cruz Azul, Coras FC.
Grupo 4: Morelia, Alebrijes de Oaxaca, Murciélagos de Los Mochis.
Grupo 5: América, Mineros de Zacatecas, Venados de Yucatán.
Grupo 6: Toluca, Lobos BUAP, Tijuana.
Grupo 7: FC Juárez, Santos, Veracruz.
Grupo 8: Dorados, Puebla, Querétaro.
