La huella que Ramón Morales ha dejado en Chivas no es exclusiva de la Primera División y de aquel título del Apertura 2006, pues también en su rol como formador de nuevos talentos le brindó grandes satisfacciones al club de sus amores, ya que hasta ahora es el único DT de Fuerzas Básicas que ha conseguido 3 títulos consecutivos en 2 categorías distintas en toda la Liga MX.
El 'Eterno Capitán' tomó las riendas del Rebaño Sagrado Sub 17 en el Clausura 2013, semestre en el que llegó a Cuartos de Final, pero al certamen siguiente consolidó a la escuadra tapatía como una de las mejores del circuito, ya que calificó como segundo general y en la Liguilla dejó en el camino a Cruz Azul y al América antes de vencer al Pachuca en una trepidante serie de la Gran Final. El Chiverío Sub 17 revalidó su cetro en el Clausura 2014; entró a la 'Fiesta Grande' como tercero general y en la ronda de eliminatoria directa superó a Monarcas y al Toluca, antes de doblegar al Atlas en la Final.
Ya con la Sub 20, Ramón Morales condujo a la misma generación de jugadores a levantar el trofeo en el Apertura 2014, esto gracias a que en la primera fase quedó en el primer lugar de la tabla e hizo una Liguilla que rayó en la perfección, pues ganó 5 partidos y empató 1; derrotó a Tigres y luego a Xolos en ambos duelos de las respectivas series, y en la Final, tras una espectacular igualada a 3 en la Ida en Pachuca, se impuso por la mínima diferencia en el Estadio Jalisco.
Ramón Morales como DT en la #CanteraRojiblanca:
Torneo / Categoría / Instancia
Clausura 2013 / Sub 17 / Cuartos de Final
Apertura 2013 / Sub 17 / Campeón
Clausura 2014 / Sub 17 / Campeón
Apertura 2014 / Sub 20 / Campeón
Clausura 2015 / Sub 20 / Semifinal