La historia del club nace el 19 de marzo de 1942, después de 13 años y a los 5 de instaurarse el profesionalismo en el futbol, en 1955 obtiene el primer título de campeón profesional del fútbol boliviano, con una campaña notable.
Intervenían por entonces el torneo denominado Tres Ciudades, 8 equipos de La Paz: Bolívar, The Strongest, Chaco, Municipal. Litoral, Unión Maestranza, Ferroviario e Ingavi, por Cochabamba Wilstermann y Aurora.
San José recibió el título de los “Húngaros” por la gran presencia de la Selección de Hungría en el torneo de 1955, aquel equipo estuvo compuesto por Francisco Bonifacio, Silvano (pirata) Valdivia, Juan Pedro Valdivia, Jorge (gringo) Marcilla, Luís (loro) Peláez Arroyo, Luís Castro. Armando Escóbar, Jorge (turco) Orellana, Humberto Murillo, Benjamín Maldonado, Luís García, Alfredo (chato) Agreda, Hugo Peláez Pérez, Norberto Fernández, Desiderio Montaño, Gerardo Vargas, Jacinto Murillo, Oscar Bellot, Roberto Román y Roberto Gutiérrez.
Cumplieron 66 años de existencia ante el Santos de Brasil al que derrotaron 2-1 el 19 de marzo. San José, en la actualidad consiguió el título de campeón de 2007 en el torneo Clausura y como tal está interviniendo en el campeonato de la Libertadores.
San José consiguió los refuerzos de Carlos De Castro, Carlos Alvarenga, Martín Palavicini, Gerson García, el equipo base con el cual salió campeón integran Daniel Vaca, Luís Palacios, Limbert Pizarro, Rolando Ribera, Enrique Parada, Sandro Coelho, Alex Da Rosa, Mauricio Saucedo y otros, comparte el grupo 6 de la Copa junto con Santos de Brasil, Guadalajara de México y Cúcuta de Colombia.
El equipo de la "V" buscará despedirse dignamente de la Copa Libertadores, aunque no será tarea fácil ya que enfrente tendrá al líder del futbol mexicano, las Chivas Rayadas del Guadalajara, equipo que está obligado a ganar para continuar con aspiraciones de avanzar a las finales de la justa continental.
Plantel del San José
Nombre: Coelho Leitte Sandro
Posición: Medio Campista
The Strongest 1994 - 2006 -San José 2007-2008
Fecha Nacimiento: 27.06.73
Nombre: Benito Moraga Mauro Gastón
Posición: Delantero
Unión Central-San José
Fecha Nacimiento: 13 may 80
Nombre: MoyanoElizondoLisandro
Posición: Delantero
San Lorenzo - San José
Fecha Nacimiento: 11 jul 83
Nombre: Tejera Rivas Celestino Francisco
Posición: Delantero
San José
Fecha de Nacimiento: 04 may 73
Nombre:Da Rosa Dorneles Alex Rodrigo
Posición: Mediocampista
Blooming - San José
Fecha de Nacimiento: 01 jun 76
Nombre: Chaparro Raúl Cristian
Posición: Mediocampista
Wilstermann-San José
Fecha de Nacimiento: 19oct75
Nombre: Parada Salvatierra Enrique
Posición: Mediocampista
San José
Fecha de Nacimiento: 04 nov 81
Nombre: Gómez Lanza Jesús Alejandro
Posición: Mediocampista
Blooming - San José
Fecha de Nacimiento: 18 jul 79
Nombre: Ribera Penacho Rolando
Posición: Mediocampista
1ro De Mayo - San José 2001-2007
Fecha de Nacimiento: 13 mar 83
Nombre: Limbert Pizarro Vaca
Posición: Defensor
Bolívar - San José
Fecha de Nacimiento: 16 jul 76
Nombre: Palacios Vidaurre Luis Mario
Posición: Defensor
Unión Central-San José
Fecha de Nacimiento: 13 jul 77
Nombre: Suárez Moreno José Mauricio
Posición: Defensor
Tahuichi - San José
Fecha de Nacimiento: 04 abr 88
Nombre: Medina Hernan Esteban
Posición: Defensor
Boca Juniors-San José
Fecha de Nacimiento: 05 sep 74
Nombre: Herrera Gómez Franklin Juan
Posición: Defensor
San José
Fecha de Nacimiento: 14 abr 88
Nombre: Daniel Vaca Tasca
Posición: Arquero
Blooming - San José
Fecha de Nacimiento: 03 nov 78
Nombre: Contaja Vicente José Luis
Posición: Delantero
San José
Fecha de Nacimiento: 02 jun 87
Director Técnico.- Marco Ferrufino.