Tras conseguir el campeonato del torneo Interliga 2009 en los Estados Unidos, Guadalajara obtuvo también uno de los boletos disponibles para México en la edición 50 de la Copa Libertadores de América, en la que a partir de este 11 de febrero iniciará su camino rumbo al título del certamen continental.
Con su incursión en esta competencia como México dos, Chivas participará por quinta ocasión en este torneo toda vez que en la primera aparición de equipos mexicanos Chivas fue partícipe en 1998, también estuvo presente en el 2005 y 2006 y su más reciente aparición la realizó en el 2008.
Guadalajara estará ubicado en el Grupo Seis de la Copa Libertadores 2009 junto al Lanús de Argentina, el Everton de Chile y el Caracas FC de Venezuela, e iniciará actividad el próximo 11 de febrero en Buenos Aires, ante Lanús, cuando arranque su participación en la Fase de Grupos de esta competencia.
Para esta nueva incursión en el torneo de clubes más importante del Cono Sur, Chivas buscará superar lo realizado en las ediciones anteriores, ya que tanto en el 2005 y el 2006 el Rebaño ha llegado hasta la instancia de Semifinales, pero en ambas oportunidades quedó al margen de la Gran Final a manos de equipos brasileños, primero ante el Atlético Paranaense y un año más tarde con Sao Paulo.
Así está conformada la Copa Libertadores 2009
Grupo Uno
Liga de Quito de Ecuador
Colo-Colo de Chile
Sport Recife de Brasil
Real Potosí de Bolivia o Palmeiras de Brasil
Grupo Dos
Boca Juniors de Argentina
Garaní de Paraguay
Deportivo Táchira de Venezuela
Deportivo Anzoátegui de Venezuela o Deportivo Cuenca de Ecuador
Grupo Tres
River Plate de Argentina
Nacional de Uruguay
Universidad de San Martín de Perú
El Nacional de Ecuador o Nacional de Paraguay
Grupo Cuatro
Sao Paulo de Brasil
Defensor Sporting de Uruguay
América de Cali de Colombia
Independiente de Medellín de Colombia o Peñarol de Uruguay
Grupo Cinco
Cruzeiro de Brasil
Universidad de Sucre de Bolivia
Deportivo Quito de Ecuador
Sporting Cristal de Perú o Estudiantes LP de Argentina
Grupo Seis
Lanús de Argentina
Everton de Chile
Caracas FC de Venezuela
Guadalajara de México
Grupo Siete
Gremio de Brasil
Aurora de Bolivia
Boyacaá Chico de Colombia
Universidad de Chile o Pachuca de México
Grupo Ocho
San Lorenzo de Argentina
Libertad de Paraguay
Universitario de Perú
San Luis de México
Actividad de Chivas en la Copa Libertadores 2009
11 de febrero, Lanús - Guadalajara, Buenos Aires, Argentina.
25 de febrero, Guadalajara - Everton, Guadalajara, México.
3 de marzo, Caracas - Guadalajara, Caracas, Venezuela.
11 de marzo, Guadalajara - Caracas, Guadalajara, México.
14 de abril, Guadalajara - Lanús, Guadalajara, México.
28 de abril, Everton - Guadalajara, Viña del Mar, Chile.
