El 30 de octubre del 2002, quedará marcado en la historia rojiblanca como el día del comienzo de una etapa importante en el equipo más popular del país, pues aquel día en las instalaciones del Club Guadalajara, la asamblea de la institución determinó que con el cambio de Asociación Civil a Sociedad Anónima, se ingresara una nueva administración bajo el mando del empresario tapatío Jorge Vergara Madrigal.
Presidente y Fundador del Grupo Omnilife, exitoso empresario del ramo nutricional en México y el extranjero, y con una de las empresas que más crecimiento habían registrado en México, Jorge Vergara llegó a la institución rojiblanca con una nueva propuesta para administrar de forma eficiente al Club más popular de México, para potencializar su marca como referente social y sobre todo, para generar en el equipo de futbol y en la vasta afición con el que cuenta, la reivindicación de la identidad de ser "Chivas de Corazón".
El 30 de octubre del 2002, luego de que la mayoría de socios votaron para la transformación de la AC a la SA de CV, Jorge Vergara tomó el control del Club Guadalajara y de inmediato comenzó con los cambios en los aspectos deportivos, sociales y comerciales, al generar en el entorno una expectativa ganadora que no tardaría mucho en manifestarse en los resultados deportivos.
Pues en poco menos de dos años después de tomar al Rebaño, Chivas llegó a la Gran Final del Futbol Mexicano en el Clausura 2004, la cual perdería con los Pumas de la UNAM en penales, pero que sería el arranque de una serie de logros deportivos y de un resurgimiento de la afición plenamente identificada con los colores rojo y blanco del Guadalajara.
Protagonista constante en las Liguillas del balompié nacional y uno de los equipos más regulares en el torneo internacional más importante de América como la Copa Libertadores, Chivas regresaría a la máxima gloria en el Futbol Mexicano bajo la tutela de Jorge Vergara en el Apertura 2006, cuando de la mano del técnico José Manuel "Chepo" de la Torre y frente al Toluca, Guadalajara sumó su onceava estrella de Campeón en su historia y primera en la Era Vergara, generando así su consolidación como el mejor equipo de México en menos de cinco años, lapso que a su llegada el empresario tapatío pronosticó y prometió para este rubro.
Con dos Semifinales en la Copa Libertadores en 2005 y 2006, más una en la Copa Sudamericana en el 2008, dentro de la Era Vergara Guadalajara también se consolidó como la mejor cantera del Futbol Mexicano al abastecer de un considerable número de jugadores a las Selecciones Menores, así como ser base de la Selección Nacional Mayor, independientemente del estratega que la haya dirigido.
Convertidos en las Fuerzas Básicas más eficientes y productivas en el Futbol Mexicano, e incluso más allá de las fronteras, Guadalajara es en la actualidad uno de los equipos que más minutos de jóvenes acumulan partido a partido en el torneo mexicano, es protagonista en los torneos en las divisiones menores y ha sido de los planteles que más debuts realizan, gracias a la preparación y capacitación que realizan con sus noveles elementos.
En otros rubros, con la llegada de Era Vergara ha renacido la expectativa de ver realizado un proyecto por años anhelado pero nunca cristalizado, una casa propia para el Rebaño Sagrado, propuesta que Jorge Vergara aterrizó, planteó con cautela y que en la actualidad el Estadio Chivas se encuentra en su fase culminante de construcción y a poco tiempo de ser inaugurado, no sólo como el inmueble rojiblanco, sino como uno de los estadios más funcionales, más ecológicos y más modernos en el mundo.
Logros en la Era Vergara:
Campeón Apertura 2006
Semifinalista Copa Libertadores 2005
Semifinalista Copa Libertadores 2006
Semifinalista Copa Sudamericana 2008
Subcampeón Copa de Campeones de la Concacaf 2007
Subcampeón Clausura 2004
Campeón del torneo Interliga 2009
Lista de debutados en la Era Vergara
Luis Michel
Marco Parra
Isaac Romo
Alejandro Vela
Luis Camacho
Edwin Borboa
Max Pérez
Omar Aguayo
Jesús Morales
Jonny Magallón
Sergio Ávila
Emilio López
Christian Armas
Édgar Solís
Omar Esparza
Patricio Araujo
Antonio Patlán
Roberto Rivera
Juan Garza
Jesús Padilla
Javier Hernández
Renato Rivera
Édgar Mejía
Javier Ledesma
Xavier Báez
Antonio Salazar
Julio Nava
Marco Fabián
Sergio Rodríguez
Juan Ocampo
Alfredo Talavera
Víctor Hugo Hernández
Francisco Mendoza
Mario de Luna
Ulises Dávila
