Lo que inició como un rumor y una simple posibilidad, se aterrizaría el 27 de junio de 2002, cuando en el Centro de Convenciones, en un acto presidido por el Gobernador del Estado de Chiapas, Pablo Salazar Mediguchía, se formalizaban el sueño de muchos aficionados chiapanecos, tener fútbol de Primera División en su entidad. El equipo se llamaría Jaguares de Chiapas y como sede tendría el Estadio Víctor Manuel Reyna en la Ciudad de Tuxtla Gutiérrez.
El primer juego del equipo tuvo que llevarse a cabo en el Estadio Azul, debido a que el Estadio Víctor Manuel Reyna se encontraba en remodelación y ampliación. En la Jornada Uno los Jaguares enfrentaron a los Tigres de la Universidad Autónoma de Nuevo León, perdiendo por marcador de 3-1. El primer gol en la historia del equipo fue obra del argentino Lucio Filomeno.
Fue el 17 de agosto de 2002, después de la remodelación del Estadio Víctor Manuel Reyna, se llevó a cabo el primer juego de los Jaguares en territorio chiapaneco. El estadio registró así su primer lleno ante el Club Deportivo Guadalajara, con un empate a un gol por bando.
Vendrían los problemas que representaba la herencia de la posición en la tabla porcentual del no descenso. La lucha por la permanencia se presentaba en el Torneo Clausura 2003, Colibríes de Cuernavaca y Puebla eran los otros dos candidatos a jugar la siguiente temporada en la Primera A. Finalmente Jaguares permaneció en el máximo circuito al descender Colibríes de Cuernavaca.
El Torneo de Clausura 2004, Jaguares ocupó la cima del Campeonato. Otro hecho histórico de relevancia, Jaguares de Chiapas, en apenas su segundo año de existencia, se instalaba en la fiesta grande del futbol mexicano, pero fueron eliminados Cuartos de Final por el Cruz Azul.
En los ocho años que Jaguares lleva en Chiapas, Salvador Cabañas puede presumir de contar con la mejor marca de goles en el equipo, además de convertirse en el primer campeón goleador de este equipo en la Primera División. Por su parte, Lucio Filomeno es señalado como el jugador que anotó el primer gol de Jaguares.
En el Torneo de Clausura 2009, contó con un técnico de mucha experiencia como argentino Miguel Angel Brindisi, quien fue sustituido por Luis Fernando Tena al final de torneo, y con jugadores muy importantes a la ofensiva como Adolfo Bautista, Oribe Peralta y los brasileños Itamar Batista, Danilinho y André Luiz, además de la incorporación del argentino Neri Cardozo.
En el Apertura 2009, Jaguares dejó salir a jugadores importantes como Itamar Batista y Gilberto Mora, pero llegaron jugadores de mucha experiencia como Oscar Pérez y Hugo Sánchez Guerrero, y mantuvieron en el timón al técnico Luis Fernando Tena.
Para el Torneo Bicentenario 2010, los felinos dejaron el equipo Neri Cardozo que se fue con los Rayados del Monterrey y a Adolfo Bautista, quien regresó al Guadalajara, y llegaron al conjunto naranja Antonio ‘Hulk’ Salazar procedente de Chivas y el colombiano Jackson Martínez, para reforzar el ataque de los felinos chiapanecos.
Nombre Oficial: Jaguares de Chiapas Futbol Club S. A. de C. V.
Fecha de Fundación: 27 de Junio del 2002
Presidente: Antonio Leonardo Castañón
Dirección: Blvd. Belisario Domínguez No. 3777, Tuxtla Gutiérrez, Chiapas.
Director Técnico: Pablo Marini
Estadio: Víctor Manuel Reyna
El plantel para el Bicentenario 2010.
Porteros: Oscar Pérez, Humberto Martínez, Édgar Hernández.
Defensas: Christian Armas, Marcelo Gandolfi, Omar Flores, Gerardo Flores, Roberto Chávez, Cristian Álvarez, Eduardo Chávez, Jorge Coste, Yasser Corona, Hugo Sánchez Guerrero, Diego Ordaz.
Medios: Oscar Razo, Christian Valdez, Alan Zamora, Alejandro Argüello, Salvador Medina, Efraín Dimayuga. Edgar Andrade, Luis Fernando Mosquera.
Delanteros: Danilinho, Ezequiel Orozco, Francisco Serrano, Jackson Martínez, Jorge Daniel Hernández, Hilario Tristán, Antonio Salazar.
