Ciudad Juárez tuvo varios equipos en los últimos tiempos pero ninguno logró mayor continuidad. En los últimos años se asentaron allí otras franquicias, alguna de ellas con el mismo nombre que la actual, entre las que destacan las Cobras. La historia de los Indios comienza a mediados de 2005, cuando un grupo empresario encabezados por el ingeniero Francisco Ibarra Molina, compra la franquicia de Pachuca Juniors y la traslada a Ciudad Juárez. En 2006 estuvo cerca de lograr el ascenso al disputar la final del Torneo Clausura 2006 con Querétaro. En 2008 el equipo ascendió al ganar la final contra el Club León por marcador global de 3-2.
En el torneo Apertura 2007 logra el campeonato de la Primera División A, al ganar a Dorados de Sinaloa con un marcador global de 7 – 0. En el partido por el ascenso enfrentando el equipo León, vence con un marcador global de 3 - 2 llegando así, por primera vez en su historia, a la Primera división mexicana. Ciudad Juárez no tenía equipo de Primera división mexicana desde que descendió en 1992 el equipo Cobras de Ciudad Juárez.
Una vez en Primera División, en las primeras 4 jornadas no tuvo éxito ya que en los cuatro juegos fueron derrotados. El primer partido lo ganó Tecos por la mínima diferencia, en el segundo encuentro ganó Monterrey 2-0, el tercer duelo lo perdió 3-2 con Necaxa y el cuarto partido lo perdió con Santos 3-0. lo que provocó que despidieran a Sergio Orduña. Después de dos días dan a conocer a Héctor Hugo Eugui como nuevo Director Técnico del cuadro de la tribu.
Como nuevo entrenador del club Indios, Eugui enfrentó al club Toluca de local y consiguió un cerrado marcador de 1-1 por lo que le dio a indios su primer punto como local. Posteriormente continuaron con una temporada considerada por los expertos como regular dadas las aspiraciones del club en las cuales la prioridad era evitar el descenso.
El logotipo muestra en esencia un balón de fútbol envuelto en una “Koyera” roja, la prenda más distintiva del pueblo Tarahumara en el estado de Chihuahua, es portada con orgullo por toda su comunidad, no solo la utilizan los hombres sino también las mujeres y niños.
El equipo utiliza el Estadio Olímpico Benito Juárez, propiedad de la Universidad Autónoma de Ciudad Juárez. El estadio fue construido en Octubre de 1980 y deportivamente el 12 de mayo de 1981 con un juego de fútbol entre la Selección Mexicana y el Atlético Español. Ha sido usado por diversos equipos profesionales que en distintos momentos estuvieron en la plaza. Tiene capacidad para 22,300 aficionados.
En el torneo Clausura 2009, después de un buen inicio venciendo a Tecos a domicilio, entró en una mala racha de resultados con 5 empates y 3 derrotas, sin victorias. Esto comprometía seriamente la permanencia del equipo en la Primera División, pero en las últimas tres jornadas el equipo mejoró notablemente y logró tres victorias seguidas derrotando como visitante a Puebla y a Cruz Azul, con un dramático gol al final del partido anotado por el nuevo refuerzo Javier Saavedra, asegurando así su permanencia en el Máximo Circuito del futbol.
En la última fecha consiguieron lo que pocos creían posible: con una combinación de resultados favorables en otros partidos, el Club de Futbol Indios consiguió su primer pase a la Liguilla venciendo a las Chivas del Guadalajara. Así, la tribu logró su objetivo de permanecer un año más en Primera División y sorprendió entrando de último momento a la Liguilla.
Para el Apertura 2009 el equipo de Indios rompió récord al no ganar ningún partido en todo el torneo, ante esto la directiva decidió destituir al técnico Héctor Hugo Eugui en la Jornada 12 y nombrar a José Treviño, quien tampoco pudo lograr ni una sola victoria.
Parel Torneo Bicentenario 2010, el conjunto fronterizo, contrató jugadores como Christian Martínez proveniente del Monterrey, y el defensa Adrián García Arias para tratar de solventar los problemas defensivos del equipo, el técnico que inició el fue José Treviño, pero fue sustituido por Gabino Amparán en la Jornada Nueve.
Nombre oficial: Club de Futbol Indios Juárez
Presidente: Francisco Ibarra Molina
Dirección: Av. Ejercito Nacional Plaza del Camino No. 7695, Cd. Juárez, Chihuahua.
Director Técnico: Gabino Amparán
Estadio: Olímpico Benito Juárez
Capacidad : 22 mil aficionados
Título: Primera División A (Campeón Apertura 2007, Campeón de Ascenso 2008, Subcampeón de Liga Clausura 2006).
Plantel para el Bicentenario 2010
Porteros: Christian Martínez,César Lozano, Humberto Hernández, Alan Said Sánchez.
Defensas: Juan de la Barrera, Javier Hernán Malagueño, Sindey Balderas, Joaquín Daniel Andrade, Gilberto Eric Martínez, Elliot Huitrón, Adrián García Arias, Arturo Alvarado, Francisco Issác Anzures.
Medios: Edwin Santibáñez, Tomás Campos, Juan Ramón Curbelo, Marco Antonio Vidal, Ricardo Esqueda, Luis Francisco García, Jorge Arturo Echavarría, Daniel Galván, Daniel Armando Campos, Sergio Orduña, Emil Martínez, Emil Martínez, Hugo Enrique Ledezma.
Delanteros: Alain Nkong, Héctor Horacio Giménez, Julio Daniel Frías, Juan Pablo López, Jair García, José Carlos Dias.
